ibdata1 хранит данные таблиц (кроме схем — они хранятся в других файлах), индексы и некоторую другую информацию. Этот файл нельзя просто удалить, так как это приведет к уничтожению данных таблиц. Кроме того файл ibdata1 фактически не может быть сокращен в размере, если только вы не удалите все базы данных, не удалите файлы и не перезагрузите …